Champ lexical de microbiologie environnementale
Notions générales 24
- microbiologie de l’environnement
- microbiologie environnementale appliquée
- écologie microbienne
- microbiologie
- microorganisme
- micro-organisme
- communauté microbienne
- population microbienne
- diversité microbienne
- biodiversité microbienne
- microbiote
- microbiome
- microbiome environnemental
- métagénome
- biofilm
- biotope
- habitat microbien
- niche écologique
- fonction microbienne
- activité microbienne
- biomasse microbienne
- processus microbien
- interaction microbienne
- réseau microbien
Microorganismes environnementaux 24
- bactérie
- archée
- champignon
- levure
- moisissure
- microalgue
- cyanobactérie
- protozoaire
- protiste
- virus
- bactériophage
- phage
- microorganisme autotrophe
- microorganisme hétérotrophe
- microorganisme anaérobie
- microorganisme aérobie
- microorganisme facultatif
- microorganisme extrêmophile
- microorganisme pathogène
- microorganisme indicateur
- bactérie indicatrice
- coliforme
- Escherichia coli
- entérocoque
Milieux et habitats 27
Environnements extrêmes 24
Cycles biogéochimiques 25
- cycle biogéochimique
- cycle du carbone
- cycle de l’azote
- cycle du soufre
- cycle du phosphore
- cycle du fer
- cycle du méthane
- minéralisation
- reminéralisation
- décomposition
- biodégradation
- humification
- fixation de l’azote
- ammonification
- nitrification
- dénitrification
- anammox
- méthanogenèse
- méthanotrophie
- sulfatoréduction
- oxydation du soufre
- réduction du fer
- oxydation du fer
- solubilisation du phosphore
- séquestration du carbone
Pollution et milieux contaminés 25
- pollution
- pollution microbienne
- pollution organique
- pollution fécale
- contamination
- contaminant
- polluant
- polluant organique
- hydrocarbure
- métal lourd
- métalloïde
- pesticide
- antibiotique
- résidu pharmaceutique
- microplastique
- eau contaminée
- sol contaminé
- sédiment contaminé
- site pollué
- eutrophisation
- anoxie
- hypoxie
- charge organique
- toxicité
- écotoxicité
Bioremédiation et traitements biologiques 24
- bioremédiation
- biotransformation
- bioconversion
- bioaugmentation
- biostimulation
- atténuation naturelle
- atténuation naturelle surveillée
- phytoremédiation
- rhizoremédiation
- mycoremédiation
- biofiltration
- biofiltre
- biolixiviation
- biosorption
- bioaccumulation
- bioépuration
- traitement biologique
- traitement biologique des eaux usées
- lagunage
- méthanisation
- digestion anaérobie
- compostage
- bioréacteur
- bioréacteur à membranes
Eau, assainissement et surveillance sanitaire 23
- microbiologie de l’eau
- qualité microbiologique
- qualité de l’eau
- eau potable
- eau usée
- eau de baignade
- eau de surface
- assainissement
- station d’épuration
- épuration
- désinfection
- chloration
- ozonation
- ultraviolet
- indicateur fécal
- coliforme fécal
- entérocoque intestinal
- efflorescence algale
- toxine cyanobactérienne
- légionelle
- légionellose
- surveillance microbiologique
- contrôle sanitaire
Sols, plantes et agriculture 22
- microbiologie du sol
- sol vivant
- fertilité biologique
- microbiote du sol
- mycorhize
- champignon mycorhizien
- rhizobium
- bactérie fixatrice d’azote
- bactérie nitrifiante
- bactérie dénitrifiante
- actinomycète
- décomposeur
- matière organique
- humus
- respiration du sol
- enzyme du sol
- biofertilisant
- inoculant microbien
- biopesticide
- amendement organique
- maladie tellurique
- pathogène du sol
Biofilms et interfaces 21
- biofilm microbien
- matrice extracellulaire
- substance polymérique extracellulaire
- EPS
- adhésion bactérienne
- colonisation
- surface
- interface
- périphyton
- épilithon
- épiphyton
- épipsammon
- biocorrosion
- corrosion microbienne
- encrassement biologique
- biofouling
- floc
- agrégat microbien
- granule anaérobie
- tapis microbien
- stromatolite
Méthodes d’échantillonnage et d’analyse 25
- échantillonnage
- prélèvement
- échantillon environnemental
- échantillon d’eau
- échantillon de sol
- échantillon de sédiment
- filtration
- filtration sur membrane
- culture microbienne
- milieu de culture
- dénombrement
- unité formant colonie
- UFC
- numération bactérienne
- microscopie
- cytométrie en flux
- PCR
- PCR quantitative
- qPCR
- séquençage
- séquençage haut débit
- métabarcoding
- métagénomique
- ADN environnemental
- ADNe
Approches omiques et bioinformatique 21
- métatranscriptomique
- métaprotéomique
- métabolomique
- amplicon
- séquençage 16S
- ARN ribosomique 16S
- ARN ribosomique 18S
- ITS
- barcoding ADN
- génome assemblé à partir de métagénome
- MAG
- binning
- annotation fonctionnelle
- profil taxonomique
- profil fonctionnel
- base de données génomique
- pipeline bioinformatique
- analyse multivariée
- indice de diversité
- richesse spécifique
- abondance relative
Biosurveillance et indicateurs 20
- biosurveillance
- bioindicateur
- indicateur biologique
- indicateur microbiologique
- marqueur microbien
- sentinelle
- biocapteur
- biosenseur
- écotoxicologie microbienne
- test de toxicité
- test écotoxicologique
- activité enzymatique
- respiration microbienne
- communauté indicatrice
- source tracking microbien
- traçage microbien
- signature microbienne
- résistance aux antibiotiques
- gène de résistance
- antibiorésistance
Santé environnementale et risques 20
- santé environnementale
- risque microbiologique
- risque biologique
- agent pathogène
- pathogène environnemental
- pathogène opportuniste
- zoonose
- maladie hydrique
- maladie d’origine hydrique
- maladie d’origine alimentaire
- aérosol biologique
- bioaérosol
- allergène
- endotoxine
- mycotoxine
- floraison algale nuisible
- antibiorésistance environnementale
- réservoir environnemental
- transfert horizontal de gènes
- gène de résistance aux antibiotiques