Champ lexical de microbiote
Notions générales 26
- microbiome
- flore microbienne
- flore commensale
- communauté microbienne
- population microbienne
- écosystème microbien
- communauté symbiotique
- microorganisme
- micro-organisme
- microorganisme commensal
- micro-organisme commensal
- microorganisme symbiotique
- micro-organisme symbiotique
- microorganisme opportuniste
- micro-organisme opportuniste
- bactérie commensale
- bactérie bénéfique
- hôte
- symbiose
- commensalisme
- mutualisme
- parasitisme
- colonisation
- résistance à la colonisation
- dysbiose
- eubiose
Microorganismes du microbiote 25
- bactérie
- archée
- levure
- champignon
- micromycète
- virus
- bactériophage
- phage
- protiste
- protozoaire
- bactérie anaérobie
- bactérie aérobie
- bactérie lactique
- bactérie acétique
- bactérie butyrique
- bactérie opportuniste
- bactérie pathogène
- lactobacille
- bifidobactérie
- streptocoque
- entérocoque
- entérobactérie
- colibacille
- clostridie
- bactéroïde
Microbiotes humains 20
- microbiote humain
- microbiote intestinal
- flore intestinale
- microbiote digestif
- microbiote buccal
- microbiote oral
- microbiote cutané
- microbiote vaginal
- microbiote respiratoire
- microbiote pulmonaire
- microbiote nasal
- microbiote urinaire
- microbiote mammaire
- microbiote placentaire
- microbiote néonatal
- microbiote infantile
- microbiote maternel
- microbiote fécal
- microbiote associé aux muqueuses
- microbiote associé à la peau
Microbiotes animaux et végétaux 22
- microbiote animal
- microbiote vétérinaire
- microbiote ruminal
- flore ruminale
- microbiote intestinal animal
- microbiote aviaire
- microbiote du chien
- microbiote du chat
- microbiote des ruminants
- microbiote des poissons
- microbiote des insectes
- microbiote végétal
- microbiote des plantes
- phytobiome
- rhizosphère
- microbiote rhizosphérique
- phyllosphère
- spermosphère
- endophyte
- microorganisme endophyte
- mycorhize
- rhizobium
Microbiotes environnementaux 20
- microbiote environnemental
- microbiote du sol
- microbiote aquatique
- microbiote marin
- microbiote d’eau douce
- microbiote des sédiments
- microbiote atmosphérique
- microbiote de l’air
- microbiote des bâtiments
- microbiote intérieur
- microbiote hospitalier
- microbiote des eaux usées
- microbiote des boues activées
- microbiote du compost
- microbiote extrêmophile
- biofilm
- tapis microbien
- boucle microbienne
- écologie microbienne
- microbiologie environnementale
Microbiote intestinal et santé digestive 21
- barrière intestinale
- muqueuse intestinale
- épithélium intestinal
- perméabilité intestinale
- mucus intestinal
- fermentation colique
- transit intestinal
- digestion
- absorption intestinale
- santé intestinale
- santé digestive
- syndrome de l’intestin irritable
- colopathie fonctionnelle
- maladie inflammatoire chronique de l’intestin
- maladie de Crohn
- rectocolite hémorragique
- diarrhée
- constipation
- ballonnement
- flatulence
- infection intestinale
Fonctions du microbiote 22
- fonction microbienne
- métabolisme microbien
- fermentation
- fermentation lactique
- fermentation intestinale
- dégradation des fibres
- synthèse de vitamines
- digestion du lactose
- métabolisme des acides biliaires
- production d’acides gras à chaîne courte
- acide gras à chaîne courte
- AGCC
- butyrate
- propionate
- acétate
- immunomodulation
- modulation immunitaire
- immunité intestinale
- effet barrière
- effet anti-inflammatoire
- effet antimicrobien
- exclusion compétitive
Équilibre, dysbiose et pathologies 21
- déséquilibre du microbiote
- appauvrissement du microbiote
- diversité microbienne
- richesse microbienne
- résilience du microbiote
- altération du microbiote
- microbiote appauvri
- microbiote perturbé
- inflammation
- inflammation intestinale
- maladie inflammatoire
- maladie auto-immune
- allergie
- obésité
- diabète
- syndrome métabolique
- malnutrition
- infection opportuniste
- infection à Clostridioides difficile
- antibiorésistance
- résistome
Alimentation, mode de vie et facteurs d’influence 25
- alimentation
- régime alimentaire
- nutrition
- fibre alimentaire
- fibre prébiotique
- prébiotique
- probiotique
- synbiotique
- postbiotique
- aliment fermenté
- ferment lactique
- yaourt
- kéfir
- kombucha
- choucroute
- kimchi
- antibiotique
- antibiothérapie
- dysbiose post-antibiotique
- mode de vie
- hygiène
- naissance
- allaitement
- sevrage
- vieillissement
Probiotiques, prébiotiques et interventions 15
- paraprobiotique
- bactériothérapie
- transplantation de microbiote fécal
- transfert de microbiote fécal
- greffe fécale
- restauration du microbiote
- modulation du microbiote
- complément alimentaire
- aliment fonctionnel
- ferment probiotique
- souche probiotique
- levure probiotique
- levure boulardii
- flore protectrice
- bioconservation
Microbiote, immunité et inflammation 15
- immunité
- immunité innée
- immunité adaptative
- système immunitaire
- barrière immunitaire
- tolérance immunitaire
- inflammation de bas grade
- cytokine
- lymphocyte
- lymphocyte T régulateur
- cellule dendritique
- macrophage
- auto-immunité
- immunodépression
- axe intestin-immunité
Axes microbiote-organes 20
- axe intestin-cerveau
- axe microbiote-intestin-cerveau
- axe intestin-foie
- axe intestin-poumon
- axe intestin-peau
- axe intestin-rein
- axe intestin-muscle
- neuromédiateur
- métabolite microbien
- acide biliaire
- endotoxine
- lipopolysaccharide
- LPS
- barrière hémato-encéphalique
- neuro-inflammation
- santé mentale
- trouble neurodéveloppemental
- maladie neurodégénérative
- dermatite atopique
- stéatose hépatique
Méthodes d’étude 23
- échantillonnage
- échantillon fécal
- prélèvement
- culture microbienne
- culture anaérobie
- dénombrement microbien
- unité formant colonie
- UFC
- microscopie
- PCR
- PCR quantitative
- qPCR
- séquençage
- séquençage 16S
- ARN ribosomique 16S
- ARN ribosomique 18S
- ITS
- barcoding ADN
- métabarcoding
- métagénomique
- métatranscriptomique
- métaprotéomique
- métabolomique
Bioinformatique et données omiques 21
- donnée métagénomique
- donnée omique
- profil taxonomique
- profil fonctionnel
- abondance relative
- richesse spécifique
- indice de diversité
- diversité alpha
- diversité bêta
- unité taxonomique opérationnelle
- OTU
- variant de séquence d’amplicon
- ASV
- annotation fonctionnelle
- binning
- génome assemblé à partir de métagénome
- MAG
- pipeline bioinformatique
- base de données génomique
- analyse multivariée
- réseau microbien
Résistome, virome et mycobiome 18
- résistome intestinal
- résistome environnemental
- gène de résistance
- gène de résistance aux antibiotiques
- transfert horizontal de gènes
- plasmide de résistance
- intégron
- mobilome
- virome
- virome intestinal
- phagome
- mycobiome
- mycobiote
- microbiote fongique
- champignon commensal
- levure commensale
- archéome
- protistome
Microbiote et environnement 14
- cycle biogéochimique
- cycle du carbone
- cycle de l’azote
- nitrification
- dénitrification
- méthanogenèse
- méthanotrophie
- biodégradation
- bioremédiation
- biosurveillance
- pollution
- contamination environnementale
- santé environnementale
- Une seule santé
Qualité, sécurité et limites d’interprétation 21
- contrôle qualité
- qualité microbiologique
- contamination microbienne
- contaminant
- échantillon contaminé
- biais d’échantillonnage
- biais de séquençage
- variabilité interindividuelle
- variabilité intra-individuelle
- standardisation
- reproductibilité
- biomarqueur
- signature microbienne
- diagnostic
- test du microbiote
- interprétation biologique
- corrélation
- causalité
- allégation de santé
- preuve clinique
- essai clinique