Champ lexical de métagénomique
Notions générales 22
- métagénome
- génomique environnementale
- génomique microbienne
- génomique des communautés
- analyse métagénomique
- séquençage métagénomique
- donnée métagénomique
- échantillon métagénomique
- communauté microbienne
- population microbienne
- écosystème microbien
- microbiote
- microbiome
- microbiologie
- écologie microbienne
- microbiologie environnementale
- bioinformatique
- génomique
- séquençage
- séquençage haut débit
- séquençage de nouvelle génération
- NGS
Types d’approches métagénomiques 21
- métagénomique ciblée
- métagénomique shotgun
- shotgun métagénomique
- métagénomique fonctionnelle
- métagénomique comparative
- métagénomique environnementale
- métagénomique clinique
- métagénomique virale
- métagénomique fongique
- métagénomique bactérienne
- métagénomique des sols
- métagénomique marine
- métagénomique intestinale
- métagénomique alimentaire
- métagénomique diagnostique
- séquençage d’amplicon
- métabarcoding
- barcoding ADN
- séquençage 16S
- séquençage ITS
- séquençage 18S
Échantillons et milieux étudiés 26
- échantillon environnemental
- échantillon biologique
- échantillon fécal
- échantillon de selles
- échantillon de sol
- échantillon d’eau
- échantillon de sédiment
- échantillon marin
- échantillon clinique
- échantillon alimentaire
- prélèvement
- prélèvement fécal
- prélèvement respiratoire
- prélèvement vaginal
- prélèvement cutané
- sol
- eau douce
- eau marine
- sédiment
- rhizosphère
- phyllosphère
- intestin
- microbiote intestinal
- biofilm
- eau usée
- boues activées
Microorganismes et communautés 24
- microorganisme
- micro-organisme
- bactérie
- archée
- virus
- bactériophage
- phage
- levure
- champignon
- micromycète
- protiste
- protozoaire
- microalgue
- cyanobactérie
- bactérie commensale
- bactérie pathogène
- bactérie opportuniste
- bactérie anaérobie
- bactérie aérobie
- bactérie lactique
- bactérie méthanogène
- bactérie nitrifiante
- bactérie dénitrifiante
- réseau microbien
Génomes, gènes et répertoires 22
- génome
- génome microbien
- génome bactérien
- génome viral
- génome fongique
- pangénome
- gène
- gène fonctionnel
- gène marqueur
- gène de résistance
- gène de résistance aux antibiotiques
- opéron
- voie métabolique
- voie de biosynthèse
- répertoire génétique
- diversité génétique
- diversité fonctionnelle
- fonction microbienne
- potentiel métabolique
- profil taxonomique
- profil fonctionnel
- annotation fonctionnelle
Marqueurs taxonomiques 20
- ARN ribosomique 16S
- ARN ribosomique 18S
- ITS
- gène ribosomique
- amplicon
- région hypervariable
- séquence d’amplicon
- barcode ADN
- marqueur moléculaire
- taxon
- unité taxonomique opérationnelle
- OTU
- variant de séquence d’amplicon
- ASV
- classification taxonomique
- assignation taxonomique
- richesse spécifique
- abondance relative
- diversité alpha
- diversité bêta
Préparation des échantillons 22
- échantillonnage
- conservation d’échantillon
- chaîne du froid
- extraction d’ADN
- extraction d’ARN
- ADN environnemental
- ADNe
- ADN total
- ARN total
- lyse cellulaire
- purification
- quantification de l’ADN
- contrôle qualité
- contamination
- contaminant
- témoin négatif
- témoin positif
- blanc d’extraction
- préparation de bibliothèque
- bibliothèque de séquençage
- index
- barcode
Séquençage et données brutes 19
- séquençage shotgun
- séquençage long read
- séquençage longue lecture
- séquençage courte lecture
- lecture
- paire de lectures
- longue lecture
- lecture courte
- profondeur de séquençage
- couverture
- qualité de séquence
- score Phred
- base calling
- appel de bases
- démultiplexage
- format FASTQ
- format FASTA
- fichier BAM
- fichier SAM
Traitement bioinformatique 20
- pipeline bioinformatique
- prétraitement
- filtrage
- filtrage qualité
- rognage
- trim
- déréplication
- déduplication
- normalisation
- assemblage
- assemblage de novo
- assemblage métagénomique
- contig
- échafaudage
- scaffold
- cartographie des lectures
- mapping
- alignement de séquences
- alignement multiple
- visualisation des données
Assemblage, binning et MAG 17
- binning
- bin métagénomique
- génome assemblé à partir de métagénome
- MAG
- génome métagénomique
- complétude
- qualité de génome
- génome draft
- génome de référence
- recrutement de lectures
- couverture différentielle
- tétranucléotide
- abondance différentielle
- décontamination
- raffinement de bin
- dereplication
- analyse comparative de génomes
Annotation et fonctions 18
- annotation de génome
- annotation taxonomique
- prédiction de gènes
- ORF
- cadre de lecture ouvert
- orthologue
- famille de gènes
- enzyme
- module métabolique
- fonction métabolique
- potentiel fonctionnel
- base de données génomique
- base de données protéique
- ontologie génique
- KEGG
- COG
- Pfam
- eggNOG
Taxonomie et diversité 16
- taxonomie
- abondance absolue
- diversité microbienne
- indice de Shannon
- indice de Simpson
- distance de Bray-Curtis
- distance UniFrac
- analyse multivariée
- ordination
- analyse en composantes principales
- ACP
- analyse en coordonnées principales
- PCoA
- clustering
- groupe taxonomique
- taxon indicateur
Réseaux, écologie et interactions 20
- interaction microbienne
- cooccurrence
- coabondance
- corrélation
- niche écologique
- habitat microbien
- symbiose
- commensalisme
- mutualisme
- parasitisme
- compétition
- syntrophie
- exclusion compétitive
- résilience
- stabilité écologique
- dysbiose
- eubiose
- boucle microbienne
- cycle biogéochimique
- fonction écosystémique
Résistome, mobilome et virulome 20
- résistome
- résistome intestinal
- résistome environnemental
- antibiorésistance
- résistance antimicrobienne
- plasmide de résistance
- plasmide R
- intégron
- cassette génétique
- transposon
- élément transposable
- mobilome
- transfert horizontal de gènes
- conjugaison bactérienne
- transduction
- transformation bactérienne
- virulome
- facteur de virulence
- pathogène opportuniste
- surveillance génomique
Virome, mycobiome et autres fractions 14
- virome
- virome intestinal
- virome environnemental
- phagome
- virus géant
- mycobiome
- mycobiote
- microbiote fongique
- champignon commensal
- levure commensale
- archéome
- protistome
- holobionte
- hologénome
Applications environnementales 18
- microbiome environnemental
- microbiote du sol
- microbiome du sol
- microbiome marin
- microbiome aquatique
- biosurveillance
- bioindicateur
- bioremédiation
- biodégradation
- pollution
- contamination environnementale
- cycle du carbone
- cycle de l’azote
- nitrification
- dénitrification
- méthanogenèse
- méthanotrophie
- station d’épuration
Applications médicales et cliniques 15
- diagnostic métagénomique
- diagnostic microbiologique
- séquençage métagénomique clinique
- agent infectieux
- pathogène
- infection
- infection opportuniste
- infection nosocomiale
- infection associée aux soins
- microbiome intestinal
- infection à clostridie difficile
- transplantation de microbiote fécal
- surveillance épidémiologique
- épidémiologie génomique
- foyer épidémique
Applications alimentaires, agricoles et industrielles 21
- microbiologie alimentaire
- fermentation alimentaire
- aliment fermenté
- microbiome alimentaire
- microbiote alimentaire
- qualité microbiologique
- sécurité des aliments
- altération alimentaire
- bioconservation
- microbiologie industrielle
- bioprocédé
- bioréacteur
- fermentation industrielle
- microbiome végétal
- phytobiome
- biofertilisant
- inoculant microbien
- biopesticide
- santé animale
- microbiome ruminal
- aquaculture
Métagénomique et microbiote intestinal 19
- flore intestinale
- prélèvement de selles
- dysbiose intestinale
- santé intestinale
- santé digestive
- barrière intestinale
- fermentation colique
- acide gras à chaîne courte
- AGCC
- butyrate
- probiotique
- prébiotique
- synbiotique
- postbiotique
- axe intestin-cerveau
- axe intestin-foie
- axe intestin-poumon
- immunité intestinale
- inflammation intestinale
Qualité, biais et limites 17
- qualité des données
- échantillon contaminé
- biais d’échantillonnage
- biais d’extraction
- biais d’amplification
- biais de séquençage
- biais bioinformatique
- effet de lot
- batch effect
- rarefaction
- standardisation
- reproductibilité
- causalité
- faux positif
- faux négatif
- interprétation biologique
- preuve clinique