Champ lexical de microbiome
Notions générales 24
- microbiote
- métagénome
- génome microbien
- communauté microbienne
- écosystème microbien
- population microbienne
- flore microbienne
- microorganisme
- micro-organisme
- microorganisme commensal
- micro-organisme commensal
- microorganisme symbiotique
- micro-organisme symbiotique
- microorganisme opportuniste
- micro-organisme opportuniste
- fonction microbienne
- activité microbienne
- interaction microbienne
- réseau microbien
- écologie microbienne
- microbiologie environnementale
- métagénomique
- dysbiose
- eubiose
Microbiome et microbiote 21
- microbiote intestinal
- microbiome intestinal
- microbiote humain
- microbiome humain
- microbiote environnemental
- microbiome environnemental
- microbiote du sol
- microbiome du sol
- microbiote végétal
- microbiome végétal
- microbiote animal
- microbiome animal
- flore intestinale
- flore commensale
- communauté symbiotique
- écosystème hôte-microbe
- holobionte
- hologénome
- résistome
- virome
- mycobiome
Microorganismes du microbiome 24
- bactérie
- archée
- levure
- champignon
- micromycète
- virus
- bactériophage
- phage
- protiste
- protozoaire
- bactérie anaérobie
- bactérie aérobie
- bactérie facultative
- bactérie lactique
- bactérie commensale
- bactérie opportuniste
- bactérie pathogène
- lactobacille
- bifidobactérie
- bactéroïde
- clostridie
- entérocoque
- entérobactérie
- colibacille
Types de microbiomes 16
- microbiome digestif
- microbiome buccal
- microbiome cutané
- microbiome vaginal
- microbiome respiratoire
- microbiome pulmonaire
- microbiome nasal
- microbiome urinaire
- microbiome fécal
- microbiome ruminal
- phytobiome
- microbiome marin
- microbiome aquatique
- microbiome atmosphérique
- microbiome bâti
- microbiome hospitalier
Génomes, gènes et fonctions 21
- génome
- génome bactérien
- génome viral
- génome fongique
- pangénome
- gène
- gène fonctionnel
- gène marqueur
- gène de résistance
- gène de résistance aux antibiotiques
- opéron
- voie métabolique
- voie de biosynthèse
- annotation fonctionnelle
- fonction métabolique
- profil fonctionnel
- profil taxonomique
- diversité génétique
- diversité fonctionnelle
- potentiel métabolique
- répertoire génétique
Omiques du microbiome 22
- métatranscriptomique
- métaprotéomique
- métabolomique
- génomique
- transcriptomique
- protéomique
- amplicon
- séquençage 16S
- ARN ribosomique 16S
- ARN ribosomique 18S
- ITS
- barcoding ADN
- métabarcoding
- séquençage haut débit
- séquençage shotgun
- shotgun métagénomique
- séquençage de nouvelle génération
- NGS
- assemblage métagénomique
- binning
- génome assemblé à partir de métagénome
- MAG
Bioinformatique du microbiome 19
- bioinformatique
- pipeline bioinformatique
- base de données génomique
- base de données taxonomique
- annotation de génome
- alignement de séquences
- classification taxonomique
- abondance relative
- richesse spécifique
- indice de diversité
- diversité alpha
- diversité bêta
- unité taxonomique opérationnelle
- OTU
- variant de séquence d’amplicon
- ASV
- analyse multivariée
- signature microbienne
- biomarqueur
Microbiome intestinal et santé 19
- santé intestinale
- santé digestive
- barrière intestinale
- perméabilité intestinale
- muqueuse intestinale
- fermentation colique
- métabolite microbien
- acide gras à chaîne courte
- AGCC
- butyrate
- propionate
- acétate
- dysbiose intestinale
- syndrome de l’intestin irritable
- maladie inflammatoire chronique de l’intestin
- maladie de Crohn
- rectocolite hémorragique
- infection à clostridie difficile
- transplantation de microbiote fécal
Microbiome, alimentation et interventions 23
- alimentation
- nutrition
- régime alimentaire
- fibre alimentaire
- fibre prébiotique
- prébiotique
- probiotique
- synbiotique
- postbiotique
- paraprobiotique
- aliment fermenté
- fermentation alimentaire
- ferment lactique
- yaourt
- kéfir
- kombucha
- choucroute
- kimchi
- antibiotique
- antibiothérapie
- dysbiose post-antibiotique
- restauration du microbiote
- modulation du microbiome
Microbiome, immunité et inflammation 20
- immunité
- immunité innée
- immunité adaptative
- immunité intestinale
- immunomodulation
- modulation immunitaire
- tolérance immunitaire
- inflammation
- inflammation intestinale
- inflammation de bas grade
- cytokine
- lymphocyte T régulateur
- cellule dendritique
- macrophage
- allergie
- auto-immunité
- maladie auto-immune
- infection opportuniste
- immunodépression
- axe intestin-immunité
Axes microbiome-organes 18
- axe intestin-cerveau
- axe microbiote-intestin-cerveau
- axe intestin-foie
- axe intestin-poumon
- axe intestin-peau
- axe intestin-rein
- axe intestin-muscle
- neuromédiateur
- acide biliaire
- endotoxine
- lipopolysaccharide
- LPS
- neuro-inflammation
- santé mentale
- trouble neurodéveloppemental
- maladie neurodégénérative
- dermatite atopique
- stéatose hépatique
Microbiome environnemental 15
- microbiome d’eau douce
- microbiome des sédiments
- microbiome intérieur
- biofilm
- tapis microbien
- cycle biogéochimique
- cycle du carbone
- cycle de l’azote
- nitrification
- dénitrification
- méthanogenèse
- méthanotrophie
- biodégradation
- bioremédiation
- biosurveillance
Microbiome végétal et animal 15
- rhizosphère
- microbiome rhizosphérique
- phyllosphère
- spermosphère
- endophyte
- microorganisme endophyte
- micro-organisme endophyte
- mycorhize
- rhizobium
- microbiote ruminal
- flore ruminale
- microbiome des insectes
- microbiome des poissons
- microbiome aviaire
- santé animale
Résistome, virome et mycobiome 15
- résistome intestinal
- résistome environnemental
- antibiorésistance
- résistance antimicrobienne
- transfert horizontal de gènes
- plasmide de résistance
- intégron
- mobilome
- virome intestinal
- phagome
- mycobiote
- microbiote fongique
- champignon commensal
- archéome
- protistome
Méthodes d’échantillonnage et d’analyse 21
- échantillonnage
- prélèvement
- échantillon biologique
- échantillon environnemental
- échantillon fécal
- prélèvement de selles
- échantillon de sol
- échantillon d’eau
- échantillon de sédiment
- extraction d’ADN
- extraction d’ARN
- PCR
- PCR quantitative
- qPCR
- séquençage
- culture microbienne
- culture anaérobie
- dénombrement microbien
- unité formant colonie
- UFC
- microscopie
Qualité, biais et interprétation 20
- contrôle qualité
- qualité microbiologique
- contamination microbienne
- contaminant
- échantillon contaminé
- biais d’échantillonnage
- biais de séquençage
- biais bioinformatique
- variabilité interindividuelle
- variabilité intra-individuelle
- standardisation
- reproductibilité
- corrélation
- causalité
- test du microbiome
- test du microbiote
- interprétation biologique
- preuve clinique
- essai clinique
- allégation de santé