Champ lexical de bioinformatique
Généralités 18
- biologie computationnelle
- biologie in silico
- informatique biologique
- analyse bioinformatique
- approche computationnelle
- approche in silico
- pipeline bioinformatique
- chaîne de traitement
- flux de travail
- workflow
- reproductibilité
- traçabilité
- annotation
- curation
- prédiction
- modélisation
- simulation
- visualisation
Données biologiques 22
- donnée biologique
- donnée génomique
- donnée transcriptomique
- donnée protéomique
- donnée métabolomique
- donnée omique
- mégadonnée
- big data
- base de données
- banque de données
- banque de séquences
- entrepôt de données
- jeu de données
- métadonnée
- format de fichier
- format FASTA
- format FASTQ
- format SAM
- format BAM
- format VCF
- format GFF
- format BED
Séquences biologiques 21
- séquence
- séquence nucléotidique
- séquence protéique
- séquence d’ADN
- séquence d’ARN
- lecture
- read
- paire de lectures
- lecture appariée
- lecture longue
- lecture courte
- contig
- échafaudage
- scaffold
- couverture
- profondeur de séquençage
- qualité de séquençage
- score de qualité
- score Phred
- adaptateur
- amorces
Séquençage et assemblage 21
- séquençage
- séquençage haut débit
- séquençage de nouvelle génération
- NGS
- séquençage massif
- séquençage shotgun
- séquençage à lecture longue
- reséquençage
- démultiplexage
- contrôle qualité
- filtrage
- nettoyage des lectures
- assemblage
- assemblage de novo
- assemblage guidé par référence
- assembleur
- désassemblage
- polissage
- correction d’erreurs
- génome de référence
- pan-génome
Alignement et comparaison de séquences 20
- alignement
- alignement de séquences
- alignement multiple
- alignement pairwise
- alignement global
- alignement local
- alignement sur référence
- appariement
- mésappariement
- gap
- matrice de substitution
- score d’alignement
- similarité
- homologie
- orthologie
- paralogie
- BLAST
- clustal
- MAFFT
- HMMER
Génomique 23
Transcriptomique 20
- transcriptomique
- transcriptome
- ARN-seq
- RNA-seq
- expression génique
- niveau d’expression
- expression différentielle
- gène différentiellement exprimé
- transcrit
- isoforme
- épissage alternatif
- quantification
- normalisation
- comptage de lectures
- matrice d’expression
- TPM
- FPKM
- RPKM
- analyse de coexpression
- pseudotemps
Protéomique et structures 18
- protéomique
- protéome
- domaine protéique
- motif protéique
- famille de protéines
- prédiction de structure
- structure protéique
- structure primaire
- structure secondaire
- structure tertiaire
- repliement
- modélisation moléculaire
- docking
- amarrage moléculaire
- site actif
- site de liaison
- interaction protéine-protéine
- réseau d’interactions
Métagénomique et microbiome 19
- métagénomique
- métagénome
- microbiome
- microbiote
- amplicon
- séquençage 16S
- OTU
- ASV
- unité taxonomique opérationnelle
- profil taxonomique
- assignation taxonomique
- classification taxonomique
- diversité alpha
- diversité bêta
- abondance relative
- abondance différentielle
- binning
- génome assemblé à partir de métagénome
- MAG
Phylogénie et évolution moléculaire 19
- phylogénie
- phylogénomique
- arbre phylogénétique
- arbre de gènes
- arbre d’espèces
- clade
- groupe frère
- ancêtre commun
- horloge moléculaire
- distance génétique
- modèle d’évolution
- maximum de vraisemblance
- inférence bayésienne
- parcimonie
- bootstrap
- support de branche
- alignement phylogénétique
- orthologue
- paralogue
Analyse statistique et apprentissage automatique 19
- biostatistique
- apprentissage automatique
- apprentissage profond
- réseau de neurones
- classification
- régression
- clustering
- partitionnement
- réduction de dimension
- analyse en composantes principales
- ACP
- UMAP
- t-SNE
- validation croisée
- surapprentissage
- jeu d’entraînement
- jeu de test
- modèle prédictif
- sélection de variables
Ontologies et annotation fonctionnelle 18
- ontologie
- ontologie génique
- Gene Ontology
- GO
- terme GO
- enrichissement fonctionnel
- analyse d’enrichissement
- voie métabolique
- voie de signalisation
- KEGG
- Reactome
- InterPro
- Pfam
- domaine conservé
- motif conservé
- fonction moléculaire
- processus biologique
- composant cellulaire
Outils, langages et environnements 19
Ressources et bases de données 15
- GenBank
- RefSeq
- Ensembl
- UniProt
- Swiss-Prot
- PDB
- Protein Data Bank
- NCBI
- SRA
- GEO
- ENA
- DDBJ
- UCSC Genome Browser
- Ensembl Genome Browser
- PubMed